Ειδικότερα και σύμφωνα με την αρχιτεκτονική μελέτη που υποβλήθηκε από τον Δήμο Κερκυραίων και εγκρίθηκε από τον Υφυπουργό, το κυρίως κτίριο του λοιμοκαθαρτηρίου θα χρησιμοποιηθεί ως χώρος εκθεσιακός και υποδοχής του κοινού, ενώ οι υπόλοιπες λειτουργίες του Μουσείου (κοινόχρηστοι χώροι, γραφείο, αναψυκτήριο, αποθήκες, χώροι υγιεινής, μηχανοστάσιο) συγκεντρώνονται σε προσθήκη που θα κατασκευαστεί στο πίσω μέρος του διατηρητέου κτιρίου. Όλες οι εργασίες αποκατάστασης του διατηρητέου θα γίνουν κατά τρόπο απολύτως συμβατό με την δομή και τεχνική του και περιλαμβάνουν: ενίσχυση του φέροντα οργανισμού με αρμολογήματα, συμπλήρωση τμημάτων της λιθοδομής που έχει καταρρεύσει, τοποθέτηση κουφωμάτων παραδοσιακού τύπου, κατασκευή ξύλινης στέγης και ξύλινου πατώματος. Στόχος είναι να προστατευθεί η ιδιαίτερη φυσιογνωμία της νησίδας Λαζαρέττο και να αναδειχθεί σε επισκέψιμο ιστορικό τόπο. Οι επισκέπτες του Μουσείου θα μπορούν να ενημερωθούν για την ιστορία της νησίδας μέσα στο χρόνο, ξεκινώντας από την εποχή που το νησί ονομαζόταν «νησίδα του Αγ. Δημητρίου». 

Όπως είναι γνωστό στις αρχές του 16ου αιώνα, επί Ενετικής κυριαρχίας στην Κέρκυρα λειτουργούσε εκεί μοναστήρι. Μετονομάστηκε σε Λαζαρέττο (Lazzaretto) μετά την ίδρυση του λοιμοκαθαρτηρίου (τέλη 16ου αιώνα) από τους Ενετούς. Λοιμοκαθαρτήρια υπήρχαν και σε άλλα νησιά του Ιονίου (Ιθάκη, Ζάκυνθος, κλπ.) καθώς και σε άλλες βενετικές κτήσεις. Αποτελούν μνημεία ιατρικής ιστορίας καθώς είναι άρρηκτα συνδεδεμένα με τη δημόσια υγεία. Σήμερα στο νησί διασώζονται ακόμα τμήματα και υπολείμματα του κτιριακού συγκροτήματος του λοιμοκαθαρτηρίου, όπως είναι το διώροφο κτίριο των ταξιδιωτών, η εκκλησία του Αγίου Δημητρίου καθώς και διάσπαρτα λείψανα κτιρίων, πυργίσκοι, στέρνα και παλιό νεκροταφείο.Κατά τη Γαλλική κυριαρχία το Λαζαρέττο κατελήφθη από τον ρωσοτουρκικό στόλο (1798) και λειτούργησε ως τουρκικό στρατιωτικό νοσοκομείο. 

Κατά την Αγγλική κατοχή (1814) ανακαινίστηκαν οι εγκαταστάσεις του λοιμοκαθαρτηρίου και αποκαταστάθηκε η λειτουργία του. Μετά την ένωση των Επτάνησων με την Ελλάδα (1864) το λοιμοκαθαρτήριο λειτουργούσε σποραδικά και μόνο όταν υπήρχε ανάγκη. Κατά την περίοδο του εμφυλίου πολέμου (1946-1949) μετατράπηκε σε στρατόπεδο συγκέντρωσης πολιτικών κρατουμένων, μεγάλος αριθμός των οποίων εκτελέστηκε. Από τη νεώτερη ιστορία σώζεται ο τοίχος των εκτελέσεων.Το νησί είναι χαρακτηρισμένο ως Ιστορικός Τόπος και έχει παραχωρηθεί κατά χρήση στο Δήμο Κερκυραίων για 20 χρόνια, με στόχο τη διαμόρφωση και ανάδειξή του ως ιστορικού και πολιτιστικού χώρου. Για την ανάδειξη της νησίδας έχει δημιουργηθεί και Σωματείο Συγγενών θυμάτων και Φίλων του Λαζαρέττο.»